医学影像(Radiology)+组学(Omics)构成影像组学(Radiomics),其强调的深层次含义是指从影像(CT、MRI、PET等)中高通量地提取大量影像信息,实现肿瘤分割、特征提取与模型建立,凭借对海量影像数据信息进行更深层次的挖掘、预测和分析来辅助医师做出最准确的诊断。近年来,影像组学已成临床科研热点之一,针对于此,思影科技推出影像组学(Radiomics)数据处理业务。如感兴趣请联系杨晓飞siyingyxf或18983979082(微信号)进行咨询,电话:18580429226
一、数据预处理
数据质量检查:检查图像形变、缺损、伪影;检查图像参数等。
数据预处理:体素重采样,体素强度离散化,图像归一化,图像灰度值标准化处理等。
二、图像分割
手工绘制或者利用卷积神经网络(CNN),U-NET等神经网络自动分割ROI/VOI 区域,确定肿瘤所在位置。
三、特征提取
1、特征提取
(1)语义特征:位置、尺寸等
(2)非语义特征:形状特征、描述各体素信号强度值分布情况的一阶特征、描述各体素之间关系的二阶特征(如:纹理特征)以及滤波获取的高阶特征。
2、特征选择
(1)相关法。计算每个特征与量表的相关性(如皮尔逊相关),保留相关值高的特征。
(2)参数检验法。对不同组别人群的特征做假设检验(比如对两组人群的特征做双样本T检验),保留通过假设检验的特征。
(3)主成分分析(PCA)法。将所有特征分解成一系列主成分,保留排名靠前的主成分作为特征。
(4)递归特征消除法。循序渐进地删除影响最小的特征,直至保留特定数目的最重要的特征为止。
(5)稀疏特征表示。可以选择使用LASSO回归(及其变种)、低秩(Low-Rank)等特征选择/表示方法。
四、机器学习建模
1.有监督学习模型:逻辑回归(logistic)、支持向量机(SVM)、神经网络、朴素贝叶斯(NB)、决策树(DT)以及基于决策树基础的集成树算法(RF、GBDT、XGboost)等。
2.无监督学习模型:K-means聚类,密度聚类,层次聚类等
五、深度学习建模1、判别式深度学习算法:卷积神经网络(CNN)、堆叠自动编码器、多层感知器等。2、生成式深度学习算法:生成对抗网络(GAN)、变分自动编码器、深度强化学习(RL)和深度信念网络(DBN)等。
六、结果汇报&可视化1.结果汇报
(1)对于分类模型,汇报准确率(Accuracy)、敏感性(Sensitivity)、特异性(Specificity)、ROC曲线下面积(AUC)等精度指标;
(2)对于回归模型,可以汇报相关值、MSE、MAE等精度指标;
(3)置换检验的结果,如p值。
2.可视化
(1)对于分类模型,可绘制ROC曲线图;
(2)对于回归模型,可绘制相关图;
(3)对于模型训练过程中发现的贡献较大的特征,可绘制点线图、矩阵图、圈状图等等。
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(1)分析方法可定制。思影科技可根据您提供的模板文献,基于您的实验数据,实现文献中使用的数据分析方法。此外,未列出的分析方法,只要在思影科技的能力范围内,尽力实现您的想法。
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数据处理业务介绍:
思影科技功能磁共振(fMRI)数据处理业务
思影科技弥散加权成像(DWI)数据处理
思影科技DTI-ALPS数据处理业务
思影科技脑结构磁共振(T1)成像数据处理业务
思影数据ASL数据处理业务
思影科技定量磁敏感(QSM)数据处理业务
思影科技啮齿类动物(大小鼠)神经影像数据处理业务
思影科技灵长类动物fMRI分析业务
思影科技脑影像机器学习数据处理业务介绍
思影科技微生物菌群分析业务
思影科技EEG/ERP数据处理业务
思影科技近红外脑功能数据处理服务
思影科技脑电机器学习数据处理业务
思影数据处理服务六:脑磁图(MEG)数据处理
思影科技眼动数据处理服务
数据分析课程:重庆:
第二十三届磁共振脑影像结构班(重庆,2.8-13)
第七十三届磁共振脑影像基础班(重庆,2.17-22)
第二十五届脑影像机器学习班(重庆,2.26-3.3)
南京:
第三十五届磁共振脑网络数据处理班(南京,2.1-6)
第二十六届脑影像机器学习班(南京,2.17-22)
北京:
第三十四届磁共振脑网络数据处理班(北京,2.9-14)
第七十五届磁共振脑影像基础班(北京,2.23-28)
上海:
第二十五届磁共振脑影像结构班(上海,2.3-8)
第二十九届扩散成像数据处理班(上海,2.11-16)
第十四届任务态功能磁共振数据处理班(上海,2.22-27)
第七十七届磁共振脑影像基础班(上海,3.3-8)
脑电及红外、眼动:北京:
第五届R语言统计班(北京,2.1-5)
第三十届脑电数据处理入门班(北京,2.16-21)
南京:
第二十九届脑电数据处理入门班(南京,2.26-3.3)
招聘及产品:
思影科技招聘数据处理工程师 (上海,北京,南京,重庆)
BIOSEMI脑电系统介绍
Artinis近红外脑功能成像系统介绍
目镜式功能磁共振刺激系统介绍